種子字是佛菩薩金口宣說的真言咒語，之所以為種子，是因為他一個字可生多字，多字復可含攝於一字之意。種子字經常包容無限的意思在內，若能於一字專注行觀，修諸行愿，即能於一切行愿皆得圓滿。

密教中，表示佛、菩薩等諸尊所說真言之梵字。乃真言行者修字輪觀時所觀照者。又作種字、種子字。所以稱種子者，乃因其具有‘自一字可生多字，多字復可賅攝于一字’之意。故知‘種子’一詞，含有引生、攝持之義。例如合十字為一句，若以第一字為種子，則可依之引生下面九字所具有之觀智，同時此九字之意義亦可攝入第一字。密教即以此理表示若了知一法，即了知一切法；若了知一法空，即了知一切法空；若能于一字專注行觀，修諸行愿，即能于一切行愿皆得圓滿。

一般而言，種子具有三義，即：(一)了因義，譬如由煙而識火之體性；經由觀種子之字門，即可了知佛智。(二)生因義，譬如由谷類等之種子可生出根莖花果等；由種子可生三昧耶形。(三)本有義，意謂字門即諸法之根源，具足本來之性德，而可作為軌范者。以具足上述三義，故密教諸尊多以之為表征。

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